Vasto e luminoso, l’interno è costituito dall’ampio vano della cupola centrale sotto la quale si aprono le sei cappelle laterali e dalla cosiddetta rotonda minore che funge da vero e proprio santuario con la preziosa e venerata immagine della Madonna della Salute, le Mesopanditissa. Nella rotonda maggiore si possono notare, muovendosi a destra dell’ingresso principale, l’altare della natività della Madonna, quello dell’Assunta e della presentazione al Tempio di Maria. Superato l’ingresso alla rotonda minore, troviamo l’altare della Pentecoste, quello di s. Antonio al centro ed infine l’altare della Annunciazione di Maria.
La rotonda minore costituiva nelle intenzioni del Longhena la cappella vera e propria o il presbiterio del Santuario. Essa, di forma ellissoidale risulta quasi un palcoscenico con l’altare di fondo che costituisce un vero e proprio punto focale per il fedele che giunge in Basilica.
L’altare maggiore colpisce per la sua mole maestosa per lo splendido gruppo marmoreo di Le Court che si trova sulla sommità: la Vergine appare maestosa Signora con il Bambino in braccio, sopra un masso di nubi con tre puti angelici ai piedi; un angelo con la fiaccola caccia la peste che fugge precipitosa mentre una donna riccamente adornata ricorda la città di Venezia che sta supplice in ginocchio ai piedi della Madonna.
Al centro dell’altare la splendida immagine della Madonna con il Bambino, la Mesopanditissa, qui collocata nel novembre del 1670. Essa proveniva dall’isola di Candia e fu portata a Venezia dal Morosini quale dono al termine della guerra di Candia. Della bella immagine colpisce il volto ombrato e gli occhi penetranti che accolgono il fedele che vi giunge supplice dinanzi.